蒙内铁路全线共设置14处野生动物通道、600处涵洞和61处桥梁，架设的桥梁高达7米，长颈鹿通过可以不弯腰、不低头。铁路沿线还增加了引导设施，引导动物安全通过铁路。铁路两侧设置隔离栅栏，避免动物爬行通过时与列车相撞。